管理體制和機制不夠靈活。目前，大多數(shù)的實驗室從名義上來說是相對獨立，但實質(zhì)上還是采用的行政管理體制。這種管理體制缺乏有效的激勵機制和人員進出機制，好的人才引不進來、留不住的現(xiàn)象比較突出，在某種程度上制約了實驗室的發(fā)展。另外，行政干預(yù)過多，必然導(dǎo)致效率相對低下，并且容易產(chǎn)生重點投資不足、重復(fù)投資等問題。

　　與國外相比，我國第三方食品檢測實驗室起步較晚，前后也就短短的10多年，其中雖有少數(shù)實驗室發(fā)展較快，個別甚至成為上市公司，但從行業(yè)的整體狀況來看，仍然存在不少問題和不足之處。

　　質(zhì)量意識、獨立性和公正性有待提高。近年來，第三方食品檢測實驗室出現(xiàn)了不少檢測質(zhì)量事故，個別事故影響面非常廣且造成嚴(yán)重后果，歸根到底，還是實驗室的質(zhì)量意識不夠強所致。因此，要打造真正的“第三方”，就要打造“公信度”，保證實驗室的權(quán)威性、公正性和保密性。

　　實驗室的規(guī)劃、布局和規(guī)模不到位。據(jù)不完全統(tǒng)計，目前全國具有食品相關(guān)檢驗?zāi)芰Φ募夹g(shù)機構(gòu)有7000多家，大部分隸屬于衛(wèi)生、農(nóng)業(yè)、質(zhì)檢、糧食等部門，從業(yè)人數(shù)近16萬人。但因各有關(guān)部門分頭建設(shè)，所以導(dǎo)致了資源分散、重復(fù)建設(shè)、利用率不高等問題。總體上來看，我國第三方食品檢測實驗室缺乏科學(xué)統(tǒng)籌安排，實驗室的設(shè)置結(jié)構(gòu)不盡合理，存在不少缺項和遺漏，實驗室的質(zhì)量和層次遠未能滿足現(xiàn)有工作的需要。

　　市場營銷能力、研發(fā)能力相對不足。目前，不少國內(nèi)的食品實驗室沒有專門的市場開拓部門和人員，實驗室所設(shè)立的部門往往都是根據(jù)所從事的具體檢測工作而設(shè)立，有的實驗室即使有部門去負(fù)責(zé)市場營銷，但也很少有專人去深入研究市場的拓展。從業(yè)務(wù)構(gòu)成上來看，特別是國有成分的實驗室，所開展的大部分業(yè)務(wù)是法定職責(zé)附帶而來。相比而言，國外的一些檢測機構(gòu)，以及個別的國內(nèi)商業(yè)實驗室，憑借其強有力的市場拓展能力，迅速地向整個食品供應(yīng)鏈滲透，擁有了相當(dāng)多的穩(wěn)定客戶群。此外，比較突出的一點就是，我們的實驗室研發(fā)能力相對不足，不足以滿足檢測市場的需要。